De fait, les jardins de couvents apparaissent au Moyen-Age, à vocation principalement médicinale et culinaire. C’est aussi au sein des scriptorium des monastères que sont recopiés les manuscrits et illustrations de Dioscoride. Durant toute cette période moyenâgeuse, ces petits vergers, jardins d’agrément ou « aux simples » se développent à travers l’Europe, mais sans plus d’observations ni de descriptions végétales. La botanique au Moyen-Orient tend aussi à se baser sur la pharmacologie, et les manuscrits de Dioscoride sont recopiés de même au sein des monastères et bénéficient parfois de nouvelles illustrations extraordinaires. La médecine se développe ainsi en écoles et la pharmacopée grecque est très étudiée. Ainsi, vers 1025, le médecin et philosophe perse Ibn Sina, connu en Occident sous le nom d’Avicenne (980-1037) compile ses considérations botaniques de caractère philosophique au sein du Kitab al-shifa (Canon de la médecine)
On y dénombre 650 plantes, dont beaucoup d’herbes mentionnées par Dioscoride, dont 758 drogues différentes. Véritable encyclopédie en cinq volumes, cet ouvrage sera utilisé pendant des siècles comme référence du genre en Orient et en Occident. Les plantes sont uniquement traitées du point de vue de leur activité médicinale, l’apport botanique restant faible. Mais ce traité présente l’intérêt de montrer qu’il existe d’autres plantes utiles que les seules 129 espèces décrites par Dioscoride et utilisées jusqu’à cette époque…
Si la botanique est largement occultée en tant que science durant le Moyen-Age, avec quelques soubresauts notamment de la part d’Hildegarde de Bingen (1098-1179) abbesse et fondatrice du couvent des Bénédictins de Rüpertsberg, dans la vallée du Rhin, un début de réveil, lent, se dessine à la fin du XIIIe siècle. Les Universités, nouvellement apparues, enseignent la médecine et donc la botanique pharmacologique. Certains manuscrits commencent à s’illustrer de plantes indigènes, quelque peu observées et détaillées, mais toujours prisonnières des contraintes pharmacologiques. Et à l’approche de la Renaissance, la nature devient en ce sens une source d’inspiration décorative. Le centre médical et scientifique de l’Italie médiéval se situe à Padoue. Le philosophe et théologien allemand, Albert Le Grand (1193-1280) y a étudié.
On y dénombre 650 plantes, dont beaucoup d’herbes mentionnées par Dioscoride, dont 758 drogues différentes.