Cette « crise » de la botanique médiévale semble ainsi prendre fin avec les derniers siècles de cette période, fin annoncée par la traduction latine, en 1483, des livres de botanique de Théophraste. Cette redécouverte du père de la botanique, rendue disponible à toute personne cultivée en Europe, va stimuler la critique et le renouveau de l’enseignement. Et au cours des XVe et XVIe siècles, les médecins italiens relèvent des critiques et commentaires sur Dioscoride et Pline et remarquent que les plantes sont mal décrites dans les herbiers médiévaux.
De fait, le besoin essentiel de décrire la réalité de la nature se retrouve à cette époque chez les personnages qui ont marqué leur temps, tels que Léonard de Vinci. Ses dessins de plantes, son analyse dans le Traité de la peinture, montrent combien il semble important pour ce grand homme que l’observation naturaliste soit le préalable à la compréhension scientifique. Parallèlement, l’invention de l’imprimerie, au cours du XVe siècle, permet la production d’ouvrages de botanique. Ces ouvrages appelés Herbarius (herbiers), illustrés de gravures sur bois, décrivent les plantes connues à l’époque et leurs vertus médicinales, renfermant des textes volumineux, embrouillés et ne suivant aucune méthode.
Parmi ceux-ci l’Hortus sanitatis (« le jardin de santé »), contenant des gravures mises en couleur, recueil pharmacologique destiné à l’usage des médecins et très répandu dans l’aire germanique. La Bibliothèque Patrimoniale de Bastia possède un exemplaire unique de ce type d’ouvrage, l’edition princeps, réalisée par Johannes de Cuba, en 1491 et édité par le bourgeois de Mayence Jakob Meydenbach. Cette édition compte 1066 gravures sur bois réparties sur 454 pages, représentant 530 plantes (tractatus de herbis), 164 animaux (tractatus de animalibus), 122 oiseaux (tractatus de avibus), 106 animaux aquatiques (tractatus de piscibus) et 144 pierres (tractatus de lapidibus), répertoire auquel s’ajoute une section sur les urines (tractatus de urinis).
S’inspirant de traités existants, notamment de ceux d’Albert Le Grand, cet ouvrage est une véritable encyclopédie médiévale sur le Vivant. Richement illustré, il possède la particularité de posséder deux index, insistant sur la volonté d’une utilisation pratique et accessible des connaissances ainsi compilées. Rapidement, de nouvelles versions françaises, italiennes, néerlandaises et allemandes, ou encore des adaptations anglaise (The noble lyfe and natures of man of bestes…) et néerlandaise (De dieren palleys) sont imprimées au tout début du XVIe siècle. Ce recueil pharmacologique du XVe siècle a effectivement reçu un succès tel qu’il a été influent jusqu’au XVIIIe siècle.
Au XVIe siècle, la technique de gravure connaît des améliorations et s'affine, de nombreux artistes de talent apparaissent. Une volonté de rigueur dans l'illustration s'affirme. Les observations botaniques sont diffusées d’autant plus facilement que cette période connait aussi l’avènement de l’imprimerie à caractères mobiles, qui va opérer un grand changement dans le format du livre. Le livre naturaliste se libère ainsi du modèle ancien pour trouver sa forme propre. Le livre imprimé est beaucoup moins cher et plus maniable que le manuscrit, et permet une diffusion plus rapide et en plus grand nombre des ouvrages dont il propage les idées. Cela favorise l'idéal des Humanistes d'une certaine vulgarisation du savoir. Et le savoir botanique à cette période est encore porté essentiellement par des médecins.
Le livre naturaliste se libère ainsi du modèle ancien pour trouver sa forme propre
"Ces ouvrages appelés Herbarius (herbiers), illustrés de gravures sur bois"