A la Renaissance, se développent le souci d’esprit critique et la volonté de vérifier les connaissances par l’observation de la Nature et par l’expérience. Les savants qui se livrent à des dissections au début du XVIe siècle ne manquent pas de souligner les diverses inexactitudes dans les descriptions anatomiques de Galien (sans toutefois oser le contredire totalement). Au même moment, les nouveaux courants artistiques venu d’Italie qui recherchent une description anatomiquement réaliste du corps humain (exemple : Dürer et Michel-Ange) participent au développement global de l’intérêt pour les recherches anatomiques. Bientôt, le développement de l’imprimerie avec l’utilisation de gravures sur cuivre (et non plus sur bois) va transformer la représentation de l’anatomie. Dans ce contexte, l’œuvre de Vésale (1514-1564) se distingue. Fort de sa pratique de la dissection, il publie son ouvrage fondateur en 1543 De humani corporis fabrica libri septem. Son ambition est de donner au lecteur l’impression d’avoir un corps disséqué devant lui. Il met en lumière une série d’éléments anatomiques nouveaux et rectifie diverses erreurs. Par rapport à l’anatomie, la médecine est plus lente à progresser durant la Renaissance. Galien fait toujours autorité, d’autant que de nouvelles traductions des textes grecs accaparent à ce moment l’attention des Humanistes.
Cependant, une personnalité originale émerge : Paracelse (1493-1541). Celui-ci s’oppose à la médecine traditionnelle et défend un système fondé sur les liens entre l’homme et le cosmos ; connaitre l’un permet de comprendre l’autre. Rejetant la théorie des humeurs, il lui oppose l’idée d’une action chimique des organes (chaque organe séparant le pur de l’impur) ; la maladie provient donc du dysfonctionnement d’un organe. Selon lui, le semblable soigne le semblable (et non son contraire comme le voulait Galien). Paracelse et ses disciples introduisent une série de nouvelles substances, en particulier minérales, dans la pharmacopée ; les médicaments sont le résultat de préparations chimiques minutieusement dosées.
La Renaissance est également marquée par la confrontation avec des blessures nouvelles causées par des armes à feu. Ambroise Paré (1509-1590) est un praticien sans formation médicale (il ne connait pas le latin et il est méprisé par les médecins universitaires). Et pourtant, il jouit d’une grande notoriété qui fait de lui le chirurgien du Roi de France. Formé sur les champs de bataille, il abandonne l’usage de l’huile bouillante pour traiter les blessures par armes à feu (que l’on pensait empoisonnées). Pour les amputations inévitables, il juge les cautérisations inefficaces et lui substitue la ligature vasculaire (déjà évoquée par Guy de Chauliac au XIVe siècle).
Les hommes de la Renaissance sont confrontés à une nouvelle maladie : la syphilis (ramenée par les Conquistadors). Elle se répand dans toute l’Europe fin XVe siècle, et pose la question d’un mal nouveau. Girolamo Fracastor (1478-1553) formule l’hypothèse de la contamination entre personnes par des particules invisibles transmises par contact direct ou indirect, ou projetée, anticipant la découverte des microbes.
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